Celkovo sa poľnohospodárstvo na produkci skleníkových plynov v únii podieľa až 10 %. Podľa Eurostato zverejnených údajov došlo v rokoch 1999 až 2003 k zníženiu škodlivých emisií produkovaných poľnohospodárstvo o 6 %. Hlavnými zdrojmi znečistenia sú metán, ktorý vzniká v tráviacom ústrojenstve poľnohospodárskych zvierat, hnoj a priemyslové hnojivá.

V roku 2003 najväčším znečisťovateľom boli priemyslové hnojivá, ktoré sa na produkcii skleníkových plynov v EÚ podieľali až podielom 48 %. Najväčším producentom metánu a hnoja je dobytok. Ten do ovzdušia dodáva 84 % metánu a 35 % sa podieľa na tvorbe škodlivých látok z hnoja. Produkcia skleníkových plynov v posledných rokoch klesá najmä z dôvodu znižovania počtu dobytku a obmedzovania používania hnojív vo väčšine členských krajín únie.

V roku 1998 sa v krajinách dnešnej EÚ chovalo 354 miliónov kusov hospodárskych zvierat. V roku 2004 to bylo už necelých 327 miliónov.

Problematikou poľnohospodárstva a jeho vplyvu na životné prostredie sa zaoberali ministri poľnohospodárstva a životného prostredia na neformálnom stretnutí 11. septembra v Londýne. Už dlhšiu dobu je v EÚ zjavná snaha o zavedenie takého spôsobu poľnohospodárskej výroby, ktorý by bol ohľaduplnejší k životnému prostrediu. Stále viac dochádza napríklad k využívaniu biomasy. Spotreba tohoto prírodného paliva dosiahla v roku 2003 výšky, ktorá energeticky odpovedá 69 miliónom tonám ropy. Využívanie biomasy nie je ale vo všetkých krajinách únie rovnaké. Veľká Británia alebo Írsko napríklad tento prírodný zdroj nevyužívajú takmer vôbec, naopak v Lotyšsku biomasa produkuje takmer tretinu spotrebovanej energie.